為使消毒工作順利進行，取得較好效果，須根據不同情況，選擇適當方法。一般應考慮以上幾個問題。 

　　(一)病原體的種類 不同傳染病病原體各有特點，對不同消毒方法的耐受性不同。如細菌芽胞對各種消毒措施的耐受力最強，必須用殺菌力強的滅菌劑、熱力或輻射處理，才能取得較好效果。故一般將其作為最難消毒的代表。其他如結核桿菌對熱力消毒敏感，而對一般消毒劑的耐受力卻比其他細菌為強。真菌孢子對紫外線抵抗力很強，但較易被電離輻射所殺滅。腸道病毒對過氧乙酸的耐受力與細菌繁殖體相近，但季胺鹽類對之無效。肉毒桿菌素易為堿破壞，但對酸耐受力強。至于其他細菌繁殖體和病毒、螺旋體、支原體、衣原體、立克次體對一般消毒處理耐受力均差。常見消毒方法一般均能取得較好效果。 

　　(二)消毒對象的性質 同樣消毒方法對不同性質物品、效果往往不同。對油漆光滑的墻面，噴灑藥液不易停留，應以沖洗、擦試為宜。對較粗糙墻面，易使藥液停留，可用噴灑消毒。環氧乙烷薰蒸，對易于吸收藥物的布、紙張效果較好，而對金屬表面，須延長時間。糞便、痰液消毒不宜用凝固蛋白質藥物處理，因蛋白質凝固對病原體可起保護作用，高壓蒸氣殺菌效果雖好，但不宜用于毛皮，塑料和人造纖維制品。環氧乙烷薰蒸賽珞璐制品，高濃度過氧乙酸或含氯消毒劑如漂白粉浸泡綿織品，來蘇液多次長時間浸泡乳膠手套，均可造成損壞。對于食品及餐具不宜用有毒或有惡臭的消毒液處理。 

　　(三)消毒場所的特點消毒應考慮當地條件。在室內消毒時，密閉性好的房屋，可用薰蒸消毒，密閉性差者應用消毒液擦試或噴灑。通風良好的房屋，可用通風換氣法消毒，通風換氣不良，污染空氣長期貯留處應當用藥物薰蒸和噴灑。人口稠密地區不可用刺激性強氣體消毒。接近火源不宜用環氧乙烷等易燃物消毒。 

　　(四)衛生防疫方面要求 不同條件下傳播機會不同，在防疫方面要求不同。傳染病流行時，發病嚴重的疫區，應集中應用效力好的藥物與器械。發病少的外圍地區，可采用簡易消毒方法。傳染病院或病房，患者集中，污染嚴重，消毒量大，應采用固定設備和高效措施，病家消毒屬于臨床措施，工作量小，可采用簡易措施及方法。飲水應在凈化基礎上煮沸，生活用水凈化后加氯消毒即可。對呼吸道傳染病，強調空間隔離，通風和合理的帶口罩，對腸胃道病應強調用具，糞便、嘔吐物消毒和接觸后洗手。不同病種的消毒，應注意區別對待。病毒性肝炎患者，應用較強含氯消毒劑或氯人劑消毒，不宜應用季胺鹽及來蘇等一般消毒劑處理。 

　　在消毒工作時還須注意影響消毒的因素，如消毒劑量(包括消毒的強度及作用時間)，消毒物品污染的程度，消毒的溫度，濕度及酸堿度，有關化學拮抗物，消毒劑的穿透力及表面張力等。