為提高換熱效率，防止或減少腐蝕，中央空調的冷卻水系統和冷凍水系統都應定期進行清洗，以除去金屬表面上的沉積物和殺滅微生物。
  對于新建的中央空調，其冷卻水和冷凍水系統中的設備在制造加工、運輸儲存期間會發生腐蝕；帶入切削油、防銹油；在安裝過程中可能留下碎屑、油類、泥沙和雜質。因此，在投運之前冷卻水及冷凍水系統往往也需要清洗。
1、循環水系統的清洗范圍：
中央空調循環系統的清洗包括冷卻水系統的清洗和冷凍水系統的清洗。
冷卻水系統的清洗主要是清洗冷卻塔、冷卻水管道內壁、冷凝器換熱表面等的水垢、生物黏泥、腐蝕產物等沉積物。
冷凍水系統的清洗主要是清除蒸發器換熱表面、冷凍水管道內壁、風機盤管內壁和空氣調節系統內設備內部的生物黏泥、腐蝕產物等沉積物。
2、清洗方法：
對于中央空調循環水系統設備及管道的清洗而言，可采用物理和化學兩種方法來實施。
1）物理清洗
（1）分類 物理清洗只能將循環水系統分成如設備、管道等幾個部分清洗。主要清洗方法有用鋼絲刷拉刷、用專用刮刀滾刮、高壓水射流清洗等。并且這些方法主要適用于水冷式冷凝器和管殼式蒸發器。
用鋼絲刷拉刷清洗，適用于水冷式冷凝器和管殼式蒸發器的清洗。將水冷式冷凝器或蒸發器的兩端鳳蓋拆下，用螺旋形鋼絲刷塞入換熱管內反復拉刷，然后再用略小于換熱管內徑的圓棒塞進換熱管內拉捅，邊拉捅邊用自來水沖洗。
用專用刮刀滾刮 自制一把專用刮刀，一端接在軟軸上，另一端接在電動機軸上，將水冷式冷凝器或管殼式蒸發器兩端風蓋拆下，將專用刮刀插入換熱管內，開動電動機，使專用刮刀在管內邊滾邊刮，并用自來水沖洗，使刮下的水垢和其他沉積物隨壓力水沖掉。
高壓水射流清洗 此方法還可用于清洗管道等設備。在清洗換熱器時，須將換熱器兩端封頭拆下，用高壓水槍逐根清洗換熱管。對于管道，則可采用有撓性槍頭的高壓水射流清洗。
對于空冷式冷凝器，可采用刷洗和吹除法進行清洗。刷洗法適用毛刷蘸70攝氏度左右的溫水進行洗刷。當冷凝器外表附著油污時，可在溫水中加適量的堿或洗潔精等。清洗完畢后，用自來水沖淋。吹除法是利用空氣壓縮機產生壓縮空氣（0.4--0.6MPa）將冷凝器外表的附著物吹除，同時也可用毛刷等清洗。利用吹除法清洗冷凝器時，應注意保護翅片、換熱管等，不可硬物敲擊。
（2） 優缺點 物理清洗有以下優點：可以省去藥劑清洗時的藥劑費用；避免了化學清洗后的清洗廢液、帶來的排放或出來的的問題；不易引起被清洗設備的腐蝕。
物理清洗的缺點 一部分物理清洗方法需要在水系統中斷運行后才能進行；清洗操作比較費工；有些方法容易引起設備表面的損傷。
2）化學清洗
化學清洗是通過化學藥劑的作用，使被清洗設備中的沉積物溶解、疏松、脫落或剝離的一類方法。化學清洗也常用物理清洗相配合使用。
（1）分類 人們往往從不同的角度對中央空調的水系統的化學清洗進行分類
a 按清洗方式，中央空調的水系統的化學清洗可分為循環法和浸泡法。
循環法是一種使用最為廣泛的方法。利用臨時清洗槽等方法，使清洗設備形成一個閉合回路，清洗液不斷循環，沉積層等不斷受到新鮮清洗液的化學作用和沖刷作用而溶解和脫落。
浸泡法適用于一些小型設備和被沉積物堵死、而無法將清洗液進行循環的設備。
b 根據使用的清洗劑，中央空調水系統的化學清洗可分為堿洗、酸性、殺菌滅藻
c 按清洗的對象，中央空調水系統的化學清洗可分為單臺設備清洗和全系統清洗。
d 按是否停機，中央空調水系統的化學清洗可分為停機清洗和不停機清洗。
不停機清洗指的是清洗液循環過程中，制冷機組仍處于開機狀態，清洗液作為冷卻水或冷凍水，在空調系統內部管線中循環。
（2) 化學清洗的優缺點
化學清洗的優點 ：沉積物等能夠被徹底清除，清洗效果好；可以進行不停機清洗，以保證制冷（或供暖）的照常進行；清洗操作比較簡單。
化學清洗的缺點： 易對金屬產生腐蝕；產生清洗廢液，易發生二次污染；清洗費用相對較高。
3、循環水系統停機化學清洗的程序：
1）酸性化學清洗
中央空調停運后， 冷卻水系統和冷凍稅系統的清洗可用采取單臺設備清洗方式或全系統清洗方式。但無論如何單臺設備清洗還是全系統清洗，一般都使用清洗槽和清洗泵將單臺設備或原系統（可使用系統的水泵）構成一個閉合回路進行循環清洗。清洗一般按下列程序進行；
水沖洗-- 殺菌滅藻清洗 ---堿洗---堿洗后水沖洗---酸洗---酸洗后水沖洗----漂洗---（中和）鈍化--封存或（中和）預膜--運行
（1）水沖洗（檢漏）水沖洗的目的是用大流量的水盡可能的沖洗掉系統中的灰塵、泥沙、脫落的藻類及腐蝕產物等一些疏松的污垢，同時檢查臨時系統的泄漏情況。
沖洗時水的流速以大于0.15m/s為宜，必要時可做正反方向切換。沖洗合格后，排盡系統內的沖洗水。必要時可注入60--70℃的熱水，用手觸摸檢查系統中有無死角、氣阻、短路等現象。
（2）殺菌滅藻清洗 殺菌滅藻清洗的目的是殺死系統內的微生物，并使設備表面附著的生物黏泥剝離脫落。
排盡沖洗水后注水充滿系統并循環，加入適當的殺生劑循環清洗。當系統內有濁度趨于平衡時即可結速清洗。
（3）堿洗 堿洗的目的是除去系統內的油污，以保證酸洗均勻（一般當系統內有油污時才需要進行堿洗，新建設備一般需要）。
注水充滿系統并用泵循環加熱，加入各各堿洗藥劑，維持一定溫度，循環清洗，當系統中堿洗液的堿度曲線，油含量曲線基本趨于平緩時即可結速堿洗。
在堿洗過程中，應定時測試堿洗液的堿順應式結構，油含量，溫度等。
(4)堿洗后的水沖洗 堿洗后的水沖洗是為了除去系統內殘留的堿洗液,并使部分雜質被帶走.堿洗液排出后,及時注入溫水沖洗,使系統呈中性或微堿性狀態,當pH值曲線趨于平緩，濁度達到一定要求時，水沖洗即可結束。
　　在沖洗過程中，需測試排出口沖洗液的ｐＨ值和濁度。
(5)酸洗 酸洗的目的是利用酸洗液與水垢和金屬氧化物進行化學反應,生成可溶性物質而除去。
為抑制和減緩酸洗液對金屬的腐蝕,在酸洗液中常需添加適當的緩蝕劑。堿洗后的沖洗水排出后,將配制的酸洗溶液用清洗泵打入系統中,確認充滿后用泵進行循環沖洗.可能時可切換清洗液的循環方向,并在最高點放空和底部排污,以避免產生氣阻和導淋堵塞,影響清洗效果。
清洗過程中應定期(一般1次/30min)測試酸洗液中酸的濃度,金屬離子(Fe2+，Fe3+，Cu2+）濃度，溫度，pH值等。當金屬離子濃度曲線趨于平緩時，既為酸洗終點。
(6)酸洗后的水沖洗 此次水沖洗是為了除去殘留的酸洗液和系統內脫落的固體顆粒,以便漂洗和鈍化處理(或預膜).
將酸洗液排出,并用大量的水對全系統進行開路清洗,不斷輪換開啟系統各導淋,以使沉淀在短管內的雜物,殘液排出.
沖洗過程中,應每隔10min測定一次排出的沖洗液的pH值,當接近中性時停止沖洗.
(7)漂洗 漂洗的目的是利用低濃度的酸洗液清洗系統內在水沖洗過程中形成的浮銹,使系統總鐵離子濃度降低,以保證鈍化效果.
漂洗實際上是一個低濃度酸洗過程.漂洗過程中也應測試漂洗液濃度,金屬離子濃度,溫度和pH值等.當總鐵離子濃度曲線趨于平緩時,即可結束漂洗.
(8)中和鈍化(或預膜)
a.鈍化 在金屬表面上形成能抑制金屬溶解過程的電子導體膜,而這層膜本身在介質中的溶解度又很小,以至它能使金屬的陽極溶解速度保持在很小的數值上,則這層表面膜稱為鈍化膜.在金屬表面形成完整的鈍化膜的過程,叫鈍化.
  金屬設備或管道經過酸洗后,其金屬表面處于十分活潑的活性狀態,它很容易重新氯氧結合而被氧化返銹.因此,設備或管道在清洗后如暫時不使用,則需要進行鈍化處理,然后加以封存.
  漂洗結束后,若溶液中鐵含量小于500mg/L時,可直接用氯水調節pH值到合適范圍,再加入鈍化藥品進行鈍化.若鐵含量大于500mg/L時,則應稀釋漂洗液至溶液中含鐵離子小于500mg/L,再進行鈍化鈍化過程中應不斷進行高壓排空和低點排污,以排除氣阻,避免死角,確保鈍化效果.
b.預膜 當空調清洗后馬上就投運時,漂洗后可直接進行預膜而不必鈍化.
  預膜的目的是讓清洗后尤其是酸洗后處于活化狀態下的新鮮金屬表面上,或其保護膜曾受到重大損傷的金屬表面上,在投入正常運行之前預先生成一層完整而耐蝕的保護膜.
  補加水使漂洗液中鐵離子濃度低于500mg/L,并加中和藥劑使pH值趨于中性,然后迅速加入預膜藥劑進行預膜.
在化學清洗過程中,各階段排除的化學清洗液必須經過處理達標后才可排放.